Face aux mystères et au paranormal, l'agent de FBI Fox Mulder poursuit sa quête de la vérité. L'agent Dana Scully, femme médecin passionnée et intelligente, est toujours intimement liée à ses recherches. Dans une région glaciale située dans l'État de Virginie, plusieurs femmes ont disparu ne laissant que des restes humains pour uniques indices. La police fait alors appel à un prêtre, dont les visions portent sur une mystérieuse expérience médicale. Au FBI, le bureau des affaires non classées est rouvert pour permettre à Mulder et Scully d'enquêter sur ces crimes sanglants qu'ils semblent les seuls à pouvoir résoudre.