Un adolescent découvre, dans une grotte du Texas, des ossements préhistoriques. À leur contact, son organisme est envahi par un mystérieux parasite et son corps est emmené avant l'arrivée des secours par un individu étrange... Parallèlement à Dallas, les agents du FBI Dana Scully et Fox Mulder tentent de désamorcer une bombe dans un immeuble fédéral. Ils apprennent par la suite que l'explosion a un rapport avec un chantier d'expérimentations situé au Texas. Lorsqu'ils arrivent sur les lieux, ils ne trouvent aucune trace de laboratoire : il ne reste que d'immenses serres où sont élevées des abeilles mutantes, porteuses d'un virus mortel.