Un agent de la brigade des Stups est retrouvé mort d'une balle dans la tête. Rizzoli et ses collègues apprennent qu'il travaillait sous couverture pour le compte de la brigade criminelle. Le commandant Cavanaugh décide de mettre tout ses hommes sur l'enquête, tandis que Rizzoli, Frankie Jr et Maura retournent au poste pour interroger Bobby, le coéquipier de l'agent abattu. Une bande d'hommes armés assiège soudain le commissariat en tuant tous les officiers de police qu'ils trouvent sur leur passage.