Le NCIS est appelé sur une route de campagne en Virginie pour enquêter sur l'assassinat peu ordinaire de deux lieutenants en permission, qui ont eu les mains sectionnées. En fait, leurs empreintes sont nécessaires pour entrer sur leur lieu de travail : un terrain d'essai pour des armes militaires ultra sophistiquées et classées secret défense. Mais, avant tout examen préalable, la voiture des victimes explose au nez de l'équipe. Quelqu'un vise spécialement le Gibbs et le NCIS, qui sollicitent l'appui du FBI. Justement, Ari Haswari, l'agent double du Mossad, est de retour.