Thomas se réveille un beau matin, entouré de jeunes garçons qui forment une sorte de communauté. Tout autour d'eux, un curieux labyrinthe les cerne et les emprisonne. N'ayant aucune idée de ce qu'il fait là, il constitue un groupe d'éclaireurs et décide d'explorer les dédales sombres et menaçants qui leur barrent l'horizon. Mais la tâche est ardue car le labyrinthe change de forme tous les soirs. Par ailleurs, son manque de respect pour les règles instaurées et sa détermination à sortir du labyrinthe lui attirent les foudres d'une frange du groupe.