Dix ans ont passé depuis la révolte des singes et la pandémie qui a décimé les hommes. La population humaine survit dans les ruines de San Francisco tandis que le peuple singe, dont César est le leader, vit dans les forêts environnantes. Pour l'heure, singes et hommes s'évitent. Mais poussés par le manque d'énergie, des humains essaient d'atteindre une ancienne centrale hydroélectrique située en territoire singe. Dès le premier contact, la méfiance s'installe entre les deux peuples. Malgré les efforts de César et de Malcolm, du côté des hommes, la tension monte. De part et d'autre, les rancoeurs remontent à la surface. Bientôt, une nouvelle guerre éclate.