Alors qu'il se repose à la frontière entre la Grèce et la Macédoine, Jason Bourne est arraché de sa retraite par l'activation d'un nouveau programme. Celui-ci, développé par une infrastructure globale en réseau, est aussi rapide que flexible, beaucoup plus sophistiqué et pervers que tout ce qu'il avait pu affronter jusqu'à présent... et il dépasse les prérogatives d'un simple gouvernement. Le but ultime de cette structure ramifiée est d'instrumentaliser la terreur, par le biais d'Internet, afin de fomenter des insurrections.