En 1964, école catholique St Nicholas, dans le Bronx. Dynamique et charismatique, le père Flynn s'efforce d'assouplir les règles trop strictes de l'école, farouchement défendues depuis toujours par soeur Aloysius Beauvier. La supérieure mène l'établissement d'une main de fer, convaincue des vertus de la peur et de la discipline. Mais le vent du changement souffle, et l'école vient juste d'accepter son premier élève noir, Donald Miller. Lorsque le jeune soeur James confie innocemment à soeur Aloysius ce qu'elle perçoit comme l'intérêt un peu trop marqué du père Flynn pour Donald, la supérieure se lance dans une croisade personnelle afin de faire renvoyer le prêtre.