La cruelle reine Bavmorda règne sur le peuple des Daïkinis. Lorsqu'une prédiction annonce la naissance imminente d'une princesse qui la détrônera, Bavmorda donne l'ordre de tuer tous les nouveau-nés du royaume. Mais Elora, le bébé de la prophétie, échappe au massacre. Elle est recueillie par Willow, un homme de petite taille qui fait partie de la race des Nelwyns. Ce dernier est chargé de ramener l'enfant au pays des Daïkinis. Il entame alors un voyage riche en aventures. En chemin, il fait la connaissance de Madmartigan, un aventurier qui propose de lui venir en aide, mais la fille de la reine est sur leurs traces.