Les Wraith mettent le cap sur Atlantis dans le but de rallier la Terre, planète d'abondance. Le seul moyen de les arrêter est de remettre en marche le bouclier de la cité - impossible, ou de détruire la cité - impensable, ou bien de se servir du satellite Lagrange stationné à proximité pour tirer sur la flotte ennemi. Une mission de réparation du satellite est conduite par Rodney, qui réussit à abattre un vaisseau-mère avant de se faire détruire avec Peter Godin à bord. Un programme d'autodestruction de la base et des savoirs est enclenché par Zelenka ; malheureusement, les données des anciens ne peuvent être sauvegarder en intégralité pour la postérité