Depuis la fuite de Ford dans l'espace, Dédale est infecté par un virus informatique Wraith prenant le contrôle des commandes. Après plusieurs tentatives risquées de réinitialisation et deux morts à déplorer, McKay et son équipe sont en échec face à ce virus mutant, les menant droit vers un bastion Wraith. Lors d'une rencontre organisée sur Terre entre membres d'Atlantis et de SG-1, le Dr.Weir apprend que le Pentagone favorise Cadwell pour commander le contingent militaire sur Atlantis, Sheppard étant indiscipliné et incontrôlable.