Une extraterrestre sollicite l'aide des hautes instances de la Fédération pour secourir son vaisseau échoué sur une planète lointaine, sur un territoire jamais encore exploré par la Fédération. Mais l'intervention nécessite un vaisseau capable de naviguer dans la nébuleuse et seul l'«USS Enterprise» est en mesure d'accomplir cette prouesse. Le capitaine Kirk, Spock et son équipage se mettent donc en ordre de marche. Mais bientôt, l'«Enterprise» subit une violente attaque, d'une ampleur sans précédent. Des extraterrestres parviennent à s'introduire dans l'appareil et Kirk est contraint d'ordonner son évacuation. La guerre est déclarée contre les nations de la Fédération.