Sonic, un hérisson anthropomorphe bleu à la vitesse supersonique originaire d'un autre monde, arrive sur Terre pour échapper à une tribu d'échidnés cherchant à exploiter son pouvoir. Dix ans plus tard, alors qu'il mène une vie secrète et solitaire au sein de la petite ville de Green Hills en admirant le rythme quotidien des humains, il provoque accidentellement une panne de courant massive qui frappe tout le Nord-Ouest Pacifique. il est alors ciblé par le gouvernement, lequel engage le tyrannique docteur Ivo Robotnik pour le traquer. Pendant ce temps, un futur officier de la SFPD, pour le moment shérif de Green Hills, Tom Wachowski, rencontre Sonic.