Scooby-Doo et ses amis parcourent le monde à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre toute une série d'énigmes ancestrales. Ils doivent devancer le dangereux Samouraï noir et ses soldats fantômes pour trouver le Sabre du Destin, une épée magique qui apporte d'incroyables pouvoirs. Au cours de leur périple, Scooby-Doo et Sammy sont embrigadés par un maître d'armes qui leur apprend le bushido, le code des principes moraux des samouraïs. Et leur enseignement est vite mis à l'épreuve face à une armée de robots ninjas incontrôlables.