Tandis que Lysandre poursuit son plan pour prendre le contrôle d'Illumis, nos héros font de leur mieux pour le vaincre. Sacha et ses Pokémon ont été capturés mais, quand Alain réalise que son travail avec Lysandre a mené à ce désastre, il les aide à se libérer. Sacha et Alain unissent leurs forces pour défier Lysandre dans un combat.Pouic, qui s'est maintenant révélé être le Pokémon Légendaire Zygarde essaye toujours d'entrer en contact avec le Zygarde de la Team Flare, mais leur redoutable engin place bientôt Pouic sous leur contrôle, tandis que Clem regarde, désespérée ! Le sort du monde est maintenant dans la balance. Qui remportera la victoire ?