Alors que nos héros continuent d'explorer la région d'Unys, Sacha devra relever le défi ultime : battre Goyah, le Maître d'Unys ! Ses compagnons auront également leurs propres épreuves à surmonter, qu'il s'agisse de remporter le droit de continuer son voyage, ou de faire face à un fantôme du passé. Mais tous trois devront faire équipe pour sauver une île de la rivalité explosive entre trois puissants et mystérieux Pokémon légendaires !