Phinéas et Ferb découvrent que leur ornithorynque domestique bien-aimé, Perry, est en réalité un agent secret qui se bat au quotidien contre les forces maléfiques. Ils l'accompagnent alors dans une grande aventure à travers une autre dimension où Doof, un clone du méchant Dr. Doofenshmirtz, a pris le contrôle d'une région. Pendant ce temps, Candice est convaincue que l'heure est venue de laisser ses manières enfantines derrière elle, pour ne pas perdre son cher et tendre Jérémy, qui se prépare pour l'université