Jim Phelps dirige le département des «missions impossibles». Lui et les membres d'un commando de la CIA, dont sa femme, Claire, ainsi que son assistant, Ethan Hunt, partent pour Prague avec pour mission de stopper un espion ennemi qui s'apprête à dérober une disquette contenant la liste secrète des agents en Europe centrale. Cette mission est en réalité un piège tendu par la CIA elle-même qui est persuadée que le commando est infiltré par une taupe. Il s'ensuit un véritable massacre dont seul Ethan Hunt réchappe.