Alors qu'on le croit mort depuis vingt ans, Neo mène une vie presque ordinaire. Sous le nom de Thomas Anderson, il conçoit des jeux vidéo et avale sagement les pilules bleues prescrites par son psy. Lorsque Trinity et lui se croisent, aucun d'eux ne reconnaît l'autre. Dans le monde parallèle du Modal, Morpheus, qui est revenu sous des traits différents, le recherche pour le réintégrer dans la Matrice.