Le général John Acosta recrute MacGyver pour voler le projet hautement classifié d'un laboratoire militaire afin d'y trouver des failles de sécurité. Rapidement, l'équipe découvre que le général planifiait lui-même une attaque et tente de le neutraliser avant que l'arme ne soit téléchargée. Parallèlement, MacGyver entreprend de sauver les petits-enfants du général. Au moment où ces derniers sont secourus, le kidnappeur se suicide après avoir révélé son association avec le groupe de Martin Bishop. Pendant ce temps, Riley s'inquiète de la rupture de Mac et Desi.