Les reptiles ont colonisé toutes les îles indonésiennes. Avec plus de 700 espèces différentes, soit 1 cinquième du total mondial, l'archipel semble être un véritable paradis pour ces créatures à sang froid. Mesurant jusqu'à 6 mètres de long, le crocodile marin est le plus grand reptile du monde et représente dès son plus jeune âge un danger permanent pour les animaux habitant les rives des cours d'eau. Plus grand lézard de la planète, le varan de Komodo habite quant à lui sur l'île du même nom, une des plus arides de l'archipel.