En 1858, Bologne où vit la famille Mortara de confession juive, appartient aux États pontificaux placés sous le règne du papa Pie IX. Un soir, la garde pontificale fait irruption chez les Mortara avec ordre d'emmener Edgardo, 7 ans, l'un de leurs neuf enfants. Ce dernier aurait été baptisé en secret et monseigneur Feletti, Père inquisiteur, exige qu'il reçoive désormais une éducation catholique. La famille et bientôt l'opinion publique s'élèvent contre cet abus de pouvoir.