L'officer sudiste Jonah Hex s'oppose à l'autorité de son supérieur Jeb Turnbull en refusant d'attaquer des civils et va jusqu'à le tuer. Le père de l'officier, le général Quentin Turnbull, venge la mort de son fils en massacrant la famille de Hex avant de le laisser pour mort. Mais Hex, marqué au fer rouge au visage, sera sauvé par des Indiens. Il développe alors des pouvoirs et peut ramener des morts à la vie... Défiguré, solitaire mais vivant, il devient un chasseur de primes et hors-la-loi redouté dans l'Ouest. Après la fin de la guerre de Sécession, Quentin Turnbull, n'ayant pas accepté la défaite du Sud, est repéré par l'armée alors qu'il prépare un attentat.