Le troisième chapitre revient sur l'autopsie du président Kennedy. Des notes brûlées aux photos falsifiées, de nombreux témoignages convergent à propos de la fausseté des pièces du rapport Warren. Oliver Stone raconte aussi que, plusieurs mois avant son assassinat, John F. Kennedy s'est opposé à diverses reprises à ses conseillers militaires face aux combats et aux plans d'invasions préconisés, qui impliquent l'intervention de la CIA et visent Cuba et le Vietnam. Une opposition qui témoigne une nouvelle fois de l'animosité qui règne entre le président Kennedy et les plus hauts gradés concernant la politique étrangère.