En 1957, en pleine guerre froide, Indiana Jones et son ami Mac viennent tout juste d'échapper à des agents soviétiques à la recherche d'une mystérieuse relique surgie du fond des temps. De retour au Marshall College, le professeur Jones apprend une très mauvaise nouvelle : ses récentes activités l'ont rendu suspect aux yeux du gouvernement américain. Le doyen Stanforth, qui est aussi un ami proche, se voit contraint de le licencier. À la sortie de la ville, Indiana fait la connaissance d'un jeune motard rebelle, Mutt, qui lui fait une proposition inattendue : en échange de son aide, il le mettra sur la piste du crâne de cristal d'Akator.