Depuis que le redoutable terroriste Cobra Commander et son complice Destro ont été capturés et emprisonnés, le commando d'élite des G.I. Joe travaille dans l'ombre pour préserver la paix sur l'échiquier mondial. Ses membres sont en mission au Pakistan pour récupérer une bombe nucléaire. Ils ignorent cependant qu'un espion de Cobra s'est infiltré à la Maison Blanche et agit à la place du Président. Lorsque l'unité est violemment attaquée, les survivants rentrent au pays pour identifier les responsables de cette agression et tenter de sauver le monde. Pour les aider, l'ancien général Joe Colton, fondateur des G.I. Joe, sort de sa retraite.