Mitten auf dem Meer wird der von zwei Rückenschüssen schwer verletzte Jason Bourne geborgen. Bourne kann sich zunächst an gar nichts erinnern, auch nicht an seinen Namen. Er entdeckt allerdings unter seiner Haut ein Implantat mit einer Schweizer Bankkontonummer. Also macht er sich auf den Weg nach Zürich. Bourne rüstet sich mit Geld, Ausweisen und einer Waffe aus, allmählich ahnend, dass er wohl Agent von Beruf sein muss. Auf der Flucht vor der CIA, die ihn gnadenlos jagt, trifft er auf Marie. Gemeinsam versuchen die beiden nun, Jasons wahre Identität aufzudecken und stoßen dabei auf so manche Überraschung.