Après sa séparation avec le Joker, Harley Quinn décide de s'émanciper et de prendre son indépendance. Mais maintenant qu'elle n'est plus sous la protection de Mister J, Harley comprend rapidement que beaucoup de monde veut sa peau, ne cragrant plus les représailles. Sur son chemin, elle trouve le cruel Roman Sionis, alias Black Mask, le gérant d'un club de la ville qui veut faire main basse sur Gotham. Elle croise également une chanteuse nommée Canary et une tueuse dénommée Huntress. Sans oublier l'inspectrice Renee Montoya, qui ne la lâche pas d'une semelle et enquête parallèlement sur des crimes visant des mafieux et perpétrés à l'aide d'une arbalète.