Dans l'océan Pacifique, au large des îles Hawaii, l'US Navy est en pleines manoeuvres. Une étrange forme menaçante sort alors de l'eau, suivie par de nombreuses autres, toutes dotées d'une puissance destructrice incroyable. Qui sont-ils, que veulent-ils et, surtout, que faisaient-ils, cachés au fond de l'océan ? À bord de l'«USS John Paul Jones», l'officier Hopper, l'amiral Shane et le sous-officier Raikes savent pertinemment que le temps est compté pour sauver la planète.