Dans un futur proche, la terre est devenue un endroit en ruine et hostile. Menacée par une mystérieuse race de monstres, l'humanité a été forcée de se réfugier sur Skyark, une ville construite dans le ciel. Au fur et à mesure que la population a augmenté, l'espace s'est réduit, et seuls les riches ont pu rester, rejetant les pauvres et les orphelins sur la terre. Une révolte est née, mais son leader a été exécuté par les autorités. Son fils, Rags, marqué des 13 ombres de la honte est exilé sur la terre où il découvre une prophétie selon laquelle le fils d'un commandant rebelle sauvera le monde.