Dans la Toscane du début du XVIIe siècle, la petite Benedetta Carlini est confiée par ses riches parents au couvent des Théatines de Pescia. Devenue jeune fille, par ailleurs fort belle, et animée d'une foi exaltée, elle voit le Christ lui apparaître et l'appeler à lui comme épouse lors de transes chargées de désir. L'arrivée au couvent de Bartolomea, une jeune novice qu'elle doit instruire des choses de la foi, et qui brûle de la convertir en retour aux mystères de la chair, accroît les émois de Benedetta. Après un nouveau rêve christique, elle s'éveille les pieds et les mains profondément transpercés.