Alors qu'ils réparent une canalisation souterraine à New York, Mario et son frère, Luigi, tous deux plombiers sont aspirés dans des tunnels. Mario est téléporté au Royaume Champignon tandis que Luigi se retrouve au Pays Noir. Mario fait la rencontre de la princesse Peach, une courageuse guerrière tandis que Luigi est capturé par les soldats de Bowser, un tyran follement amoureux de Peach. Mario va s'allier à l'armée champignons pour sauver son frère.