La Team Plasma fait encore des siennes avec la machine à contrôler les Pokémon. Un Tranchodon, victime de Nikolaï, détruit tout sur son passage. Nos héros décident alors d'intervenir, mais le Dracolosse d'Iris se fait aussi manipuler par la machine. Avec l'aide de Beladonis et l'aide involontaire de la Team Rocket, ils vont réussir à ramener les choses au calme.