1964, dans une bourgade de l'État du Mississippi. Trois militants pour les droits civiques disparaissent sans laisser de trace. Deux agents du FBI se lancent dans l'enquête en employant des méthodes différentes. Homme d'expérience, Rupert Anderson procède en douceur, tandis que, par idéalisme, son jeune collègue, Alan Ward, agit avec maladresse et précipitation, mobilisant d'importants effectifs. Un homme noir, interrogé sans discrétion par Alan, se fait tabasser, des églises et des maisons sont incendiées. Pendant ce temps, Rupert, qui continue d'enquêter dans l'ombre, croit de plus en plus à la culpabilité du shérif et de son adjoint.